Aunque hay algunas opiniones que sitúan la fundación de este monasterio en el siglo X, la primera noticia documental que hace referencia a él es del año 1094, y hace pensar que esta fundación realmente se llevara a cabo a finales del siglo XI , poco antes de esa fecha. En ese momento, o poco después, se realizó una concentración en este lugar de monjas procedentes de otros monasterios cercanos: San Pedro de Valderaduey, o Araduey, San Martín de la Fuente, San Pedro de los Molinos y luego Santa María de Piasca, entre 1095 y 1108.

El monasterio estaba en cierto modo bajo la dirección de San Benito de Sahagún pero conservando su independencia. A finales del siglo XII se perdió esa independencia y el abad de Sahagún, entre otros, tenía el derecho de elegir la abadesa de las Dueñas, lo que enfrentó a los dos establecimientos y las monjas iniciaron pleitos para garantizar su independencia. Finalmente el rey dictaminó a favor de los monjes de Sahagún y el papa Alejandro IV lo confirmó en 1253. Esto no acabó con las diferencias entre las dos comunidades y en los años siguientes se encuentran aún enfrentamientos, al menos hasta la mitad del siglo XIV.