En este lugar existía un puente sobre el río Bernesga que estaba bajo la custodia del obispado de León. La infanta Sancha Raimúndez, hermana de Alfonso VII, entregó el puente y unos terrenos cercanos al arcediano Arias con la condición de que construyese una iglesia, un hospital y casas para los cuidadores del puente.

El 1172 Suero Rodríguez fundó un convento, también lo dotó y dedicó a San Marcos. En 1180 el caballero fundador entró en la orden de Santiago, cediéndole la iglesia y convento.

Entre los siglos XVI a XVIII se rehizo casi totalmente construyendo el gran edificio que con algunas modificaciones aún se conserva. En 1836 fue abandonado por los canónigos y en 1844 se convirtió definitivamente propiedad estatal; seguidamente fue declarado monumento artístico lo que incidió favorablemente en su conservación. Ha mantenido muchas funciones, entre otras: casa de misioneros del obispado, escuela, Museo Arqueológico, hospital, cuartel y desde el 1963, hotel.