Este monasterio es uno de los más importantes de los muchos que se encuentran en la comarca, conocidos en su conjunto como Tebaida Berciana. Fue erigido en el siglo VII por San Fructuoso de Braga cuando éste dejó la comunidad de Compludo para practicar el eremitismo en un oratorio que dedicó a San Pedro, situado en el lugar conocido como castro Rupianense. Debido a la llegada de muchos seguidores se fundó un cenobio (640?), que se conocería como San Pedro de Montes. En el mismo siglo VII, una vez Fructuoso ya había abandonado el lugar, llegó otro personaje: Valerio del Bierzo, en su época San Pedro de Montes debería estar formado por un conjunto de monjes que llevarían una vida ascética en ermitorios, y una iglesia. Después de Valerio hay una época sin noticias del lugar, seguramente debido a la falta de seguridad por la invasión islámica, que acabaría con su abandono.

Hacia 890, llegó a este lugar un tercer personaje: San Genadio de Astorga, posiblemente atraído por el renombre del lugar y de sus antiguos ocupantes. Genadio es el restaurador de la vida monástica de San Pedro de Montes, reedificando la iglesia y adaptando los espacios abandonados a las nuevas necesidades. La comunidad restaurada comenzó a recibir donaciones (el 892, del obispo de Astorga), entre ellas la propia iglesia de San Pedro, propiedad del obispado. La popularidad e importancia del lugar fue creciendo e incluso Genadio fue elegido obispo de Astorga (909-919). Es él quien consagró la iglesia del monasterio, el 919, momento en que le hizo una rica dotación.