A pesar de que se le supone una considerable antigüedad, el monasterio de Poibueno no se menciona hasta el 1154, en un privilegio otorgado por Alfonso VII a la comunidad organizada de canónigos agustinianos. Su iglesia estaba dedicada a Santiago. En ese momento el lugar era conocido como "Podio Malo". En 1157 consta que esta canónica estaba sometida en cierta forma a la episcopal de Astorga. Entre esta fecha y 1162 se cambió el nombre por el de Poibueno.

El 1165 este establecimiento recibió en propiedad el monasterio de San Martín de Montes, que más adelante (1203-1204) se separaría de este y pasaría a la orden del Hospital. Vuelve a estar documentado en 1288 en una venta, y la última noticia conocida es del 1339. Probablemente desaparecería como canónica a mediados del siglo XIV. En 1613 se menciona ya como parroquia dedicada a Nuestra Señora de Poibueno, bajo la dirección de un "prior", que conservaba aún ese título honorífico en recuerdo de su historia.