El monasterio de Santa María de Villabuena fue fundado a iniciativa de la reina Teresa de Portugal (1181-1250), que levantó un monasterio y un palacio en una propiedad suya en la comarca del Bierzo. Para llevar adelante esta iniciativa, consiguió las licencias oportunas de Alfonso IX (el matrimonio con el cual se había anulado en 1194), en 1229, y del papa Gregorio IX (1231). Desde sus comienzos fue ocupado por monjas cistercienses. A principios del siglo XIV el monasterio recibió las reliquias del eremita san Guillermo de Peñacorada y por esta causa se ​​cambió la advocación del monasterio, pasando a ser conocido entonces como San Guillermo de Villabuena.

Cuando a principios del siglo XVI el cercano monasterio de San Miguel de las Dueñas entró en profunda decadencia, las monjas se trasladaron a este, pero esta situación no duró demasiado, Villabuena estaba expuesto a las riadas y sufría a menudo los efectos de las aguas, la situación fue tan grave que en 1530 la comunidad tuvo que trasladarse a San Miguel, que a pesar de encontrarse en mal estado, aún se pudo restaurar. El de Villabuena quedó abandonado y se perdió.

El lugar de Villabuena pertenece al municipio de Cacabelos (León).