El siglo XIII coincide con una época de esplendor para el establecimiento, con un notable incremento de sus posesiones. En este sentido, en 1270 ingresó en el monasterio Sancha Alfonso de León, hija de Alfonso IX de León (desde 1188 hasta 1230), que le hizo una importante donación en forma de derechos y rentas. Murió aquí ese mismo año, en olor de santidad.

El siglo XIV se puede considerar como de mantenimiento del estado de cosas, prácticamente no se detectan nuevas donaciones ni adquisiciones. Seguidamente comenzó su decadencia, a mediados del siglo XV se hicieron algunos pasos para lograr su traslado, lo que se consiguió en 1486 mediante una bula papal. Ese traslado no se haría efectivo hasta más tarde, en 1502, dejando el lugar sin comunidad que lo ocupara, las monjas de Santa Eufemia se trasladaron al convento de Toledo. En 1608 se trasladó, también a Toledo, el cuerpo de Sancha.

El lugar fue vendido por la mismo orden de Santiago antes de la desamortización y actualmente se conserva una espléndida iglesia y otras dependencias ahora dedicadas a hospedería. El claustro desapareció a principios del siglo XIX, en el interior de la iglesia se conservan algunos elementos de aquella dependencia.

Bibliografía:
- Maria Soledad Ferrer Vidal y Díaz del Reguero. Santa Eufemia de Cozuelos: un monasterio femenino de la Orden Militar de Santiago. En la España medieval 2. 1982