El convent de clarisses de Medina de Rioseco es va fundar a partir d’un beateri preexistent on s’havia reunit un grup de dones que el 1491 van adoptar la regla franciscana. Aquesta nova casa va rebre la protecció dels senyors de Medina de Rioseco Don Fadrique Enríquez de Velasco i la seva esposa Ana de Cabrera, Almiralls de Castella. Aquell nou monestir es va posar sota l’advocació de la Concepció. El 1492 li foren lliurades les cases que fins aquell moment havien estat ocupades pels jueus que havien sigut expulsats, més endavant van anar a l’ermita de San Sebastián i ja a començament del segle XVI es van establir al lloc actual, al camí de Valladolid, a l’altre costat del riu Sequillo.

A més de participar activament en la seva fundació, els Enríquez van ajudar econòmicament al seu desenvolupament, aquesta trajectòria es va veure afectada per la guerra de les Comunitats de Castella (1520) i sobretot a causa de la seva situació, extramurs de Medina. Immediatament després d’aquell esdeveniment, la casa es va recuperar amb rapidesa gràcies a la bona situació econòmica del moment i van engegar les obres de construcció del nou convent, obra que es desenvolupà durant els segles XVI i XVII, el 1618 es va poder inaugurar la nova església que fou dotada amb el seu corresponent mobiliari.

Ja al segle XIX, el convent de les clarisses va patir els greus efectes de la guerra del Francès, amb episodis d’exclaustració i saqueig de les seves dependències ja que la casa s’havia convertit en caserna i hospital militar. Més tard van patir els efectes de la desamortització, però no va desaparèixer i el convent encara continua la seva activitat a Medina.