L’any 922 Ordoni II va encarregar a l’abat Berila de Penamaior la restauració del monestir de Samos que en aquell moment es trobava en decadència, hom suposa que aquest Berila és el mateix que figura en un altre document de l’any 919 relacionat amb el monestir de San Pedro de Triacastela, per tant, tot i que hom ignora la data de fundació d’aquest monestir, aquesta és anterior a l’any 922.

El 1188 depenia, com a priorat, del monestir de Carracedo, en aquell moment benedictí però que el 1203 va passar a dependre de l’abadia de Citeaux (Borgonya) esdevenint cistercenc, les cases que depenien de Carracedo també van adaptar-se al Cister i hom sap que el 1225 Penamaior ja pertanyia a aquest orde però ara amb el títol d’abadia. Aquesta condició es va mantenir en una època de poca vitalitat de la casa fins que fou reformada i el 1505 es va afiliar a la Congregació de Castella, quedant unida a San Salvador de Salamanca, perdent definitivament la dignitat abacial. Era un dels monestirs cistercencs més petits de Galícia amb una comunitat que constava de tres membres (el 1584) o set , el 1803.