Aquest indret és un lloc de culte des del segle VI, hom té notícia d’una primera església dedicada a sant Pere que es va aixecar sobre una necròpolis en època del bisbe de Rouen sant Audoè (Ouen, c600-684) i on ell mateix hi seria enterrat a la seva mort. Això va fer canviar l’advocació inicial per la de Saint-Ouen. Tot i que la tradició diu que el monestir fou fundat pel mateix Audoè, segurament és d’època carolíngia, establert sota l’episcopat de Remi (755-771). Després seria destruït a causa de les invasions normandes (842), quan els monjos van haver de fugir emportant-se els béns més preuats, entre els quals les relíquies de sant Audoè. La casa quedaria abandonada o sota mínims durant molts anys i les relíquies dipositades a Saint-Germain-des-Prés i altres indrets fins la seva devolució, el 918.

Portada principal de Saint-Ouen, restaurada al segle XIX

Sant Audoè, el fundador, representat al mainell del portal dels Marmousets

L'abadia es va restaurar un cop instaurat el ducat de Normandia i els primers ducs participaren en la construcció d’un gran conjunt monàstic. Al segle X, Ricard I de Normandia va demanar a sant Maiol de Cluny que intervingués en la reforma monàstica d’algunes cases normandes, entre les quals aquesta, que s’haurien d’adaptar als costums cluniacencs, en questa reforma hi va intervenir Guillem de Dijon (o de Volpiano, 962-1031). La Gallia Christiana esmenta Hildebertus (mort el 1006) com el primer abat del monestir restaurat. Saint-Ouen fou víctima del foc en diverses ocasions: 1136, 1211, 1248 i 1318. El darrer fou devastador i des d’aquell moment hom va treballar en aixecar una gran església gòtica, la construcció de la qual s’allargà en el temps i no es va acabar fins el 1549.

Església de Saint-Ouen