Aquesta casa fou fundada a instàncies de Simon III de Neauphle (?-c1150) i la seva muller Eva, que el 1127 es van dirigir a l’abat Geoffroy de l’abadia de Savigny (Manche) sol·licitant la seva intervenció a l’empresa. Geoffroy va enviar dotze monjos per la nova casa dirigits per Arraud (o Arnaud, el primer abat) la fundació es va fer efectiva el 1128, passant a formar part de la congregació (també considerat orde) de Savigny. Com és habitual, en el mateix acte, els fundadors van dotar econòmicament el monestir per garantir la seva continuïtat. Lluís VII de França va confirmar el 1143 la fundació i els béns del monestir, d’altra banda també es va veure beneficiat amb més donacions al seu favor, efectuades per la noblesa. Encara el 1144 el papa Luci II confirmava la fundació i la posava sota la seva protecció. Sota el govern de l’abat Arraud, el 1137 es va fundar des d’aquí l’abadia de Notre-Dame de Breuil-Benoît (Eure). El 1148 la congregació de Savigny va incorporar-se al Cister, per tant aquest monestir va esdevenir una casa cistercenca.

Portal de l'església en ruïnes

L'abadia de les Vaux de Cernay
Il·lustració de l'Étude Archéologique sur
l’Abbaye de Notre-Dame des Vaux de Cernay (1889)

L’any 1180 fou elegit abat Gui (després bisbe de Carcassona entre 1212 i 1224) que va participar molt activament a la Quarta Croada juntament amb el seu nebot Pere de les Vaux de Cernay, també monjo d’aquesta casa. Ambdós van intervenir també a la croada albigesa, especialment Pere, qui va acompanyar a Simó de Montfort i deixà el seu testimoni partidista a la seva Hystoria albigensis. El 1225 l’abadia femenina de Port-Royal des Champs formava part de l’orde del Cister i hom la va vincular a aquesta. Entre 1235 i 1247 l’abadia fou governada per sant Teobald de Marly. A començament del segle XVI la casa mantenia una bona situació econòmica però el relaxament dels costums havia esdevingut crònic.