Los capuchinos llegaron a Guimarães en 1662 y en 1664 se puso la primera piedra del convento que se tenía que levantar de nueva planta utilizando piedra del castillo, palacio condal y murallas, lo que provocó la oposición de la población. En 1668 los capuchinos ocuparon ya la nueva casa, dejando la capilla de São Miguel do Castelo que habían ocupado provisionalmente desde su llegada. A mediados del siglo XVIII se reedificó completamente la iglesia. Los frailes se mantuvieron en ese lugar hasta el 1833 cuando se clausuró el establecimiento monástico. En 1842 los edificios fueron adquiridos en subasta por la Santa Casa da Misericordia, institución fundada a principios del siglo XVI, para hacer un nuevo hospital, esta institución todavía conserva el lugar.