Se trata de una canónica fundada en 1147 por Afonso Henriques, el primer rey de Portugal, que entregó una antigua ermita situada en ese lugar a un canónigo premonstratense que intentó su filiación a esta orden, pero finalmente se convirtió en una canónica agustiniana, los primeros priores del monasterio fueron canónigos procedentes de São Salvador de Banhs (Barcelos, Braga). En 1206 fue declarado exento y pasó a depender directamente de la Santa Sede. La canónica se vio beneficiada por la monarquía, que le dio protección. Por otra parte, la posesión de reliquias de san Vicente lo hizo un lugar de devoción popular.

En 1540 la casa fue reformada y se integró a la Congregación de Santa Cruz de Coimbra. Durante el siglo XVI se hizo una reforma profunda de los edificios, en la que intervino el rey Felipe II y el arquitecto Juan de Herrera. La nueva iglesia se inauguró en 1629. Sufrió daños relativamente poco importantes en el terremoto de 1755. En 1834 quedó sin comunidad y el lugar se convirtió palacio episcopal, en el mismo siglo XIX el refectorio se convirtió en panteón de la casa de Braganza.