Canónigos
 

El año 977, el conde y obispo de Gerona Miró Bonfill, fundó una canónica aquisgranense en la desaparecida iglesia dedicada a Sant Genís y Sant Miquel, situada intramuros y bajo el castillo. De esta iglesia dependía la parroquial de Sant Vicenç, entre otras próximas. Todos los bienes serían confirmados al monasterio por una bula papal del 988.

Bernat Tallafero fue un defensor de la canónica e incluso promovió el establecimiento de un obispado en Besalú, con sede en el monasterio, el primer obispo fue Guifré, hijo del conde, que era también abad de Sant Genís y Sant Miquel. A la muerte de Bernat Tallaferro (1020) se suprimió el efímero obispado.

Hacia el 1026 se trasladó la canónica desde la antigua iglesia a la de Santa Maria de Capellada, o de Bell-lloc, que hasta entonces dependía. A partir de 1075 ya no se encuentra ninguna referencia más de la antigua iglesia de Sant Genís y Sant Miquel.

En 1055 tiene lugar la consagración de una nueva iglesia en el castillo de Besalú, dedicada también a Santa Maria. En 1084 la canónica pasa a depender de Sant Ruf d'Avinyó, bajo la regla de san Agustín, este hecho provocó tensiones entre los partidarios de la canónica aquisgranense y la agustiniana. Quizás por este motivo el 1111 Ramon Berenguer III, que entonces ya era titular de los condados de Barcelona y Besalú, dio la iglesia de Santa Maria del castillo a los reformadores de Sant Ruf. La reforma de la canónica no fue efectiva hasta más adelante, alrededor de 1114. El traslado de la canónica de Santa Maria de Capellada a Santa Maria del castillo se debió efectuar a mediados del siglo XII.

La última noticia de esta iglesia es del 1349. Estaba en la plaza Safont y fue derribada a comienzo del siglo XIX.