Canonges
 

L'any 977, el comte i bisbe de Girona Miró Bonfill, va fundar una canònica aquisgranesa en la desapareguda església dedicada a Sant Genís i Sant Miquel, situada dins de la muralla i sota el castell. D'aquesta església hi depenia la parroquial de Sant Vicenç, entre altres properes. Tots els béns foren confirmats al monestir per una butlla papal del 988.

Bernat Tallafero fou un defensor de la canònica i fins i tot va promoure l'establiment d'un bisbat a Besalú, amb seu al monestir, el primer bisbe fou Guifré, fill del comte, que era també abat de Sant Genís i Sant Miquel. A la mort del Bernat Tallaferro (1020) es va suprimir l'efímer bisbat.

Cap el 1026 es va traslladar la canònica des de l'antiga església a la de Santa Maria de Capellada, o de Bell-lloc, que fins llavors hi depenia. A partir del 1075 ja no es troba cap referència més de l'antiga església de Sant Genís i Sant Miquel.

El 1055 té lloc la consagració d'una nova església al castell de Besalú, dedicada també a Santa Maria. El 1084 la canònica passa a dependre de Sant Ruf d'Avinyó, sota la regla de sant Agustí, aquest fet va provocar tensions entre els partidaris de la canònica aquisgranesa i l'agustiniana. Potser per aquest motiu el 1111 Ramon Berenguer III, que llavors ja era titular dels comtats de Barcelona i Besalú, va donar l'església de Santa Maria del castell als reformadors de Sant Ruf. La reforma de la canònica no va ser efectiva fins més tard, pels volts del 1114. El trasllat de la canònica de Santa Maria de Capellada a Santa Maria del castell es devia efectuar a mitjan del segle XII.

La darrera notícia d'aquesta església és del 1349. Era a la plaça Safont i fou enderrocada a començament del segle XIX.