Benedictins
 

Es tracta de l'església de l'antic priorat de Santa Maria de Jonqueres el qual no apareix documentat fins al segle XIII, malgrat ésser anterior. En un document del 1242 consta com a depenent de Santa Maria de Vallbona, al bisbat d'Elna. D'aquesta època hom no sap res d'aquest priorat llevat que surt esmentat els anys 1279 i 1280 com a "prioratu de Ionqueriis".

Entre el 1462 i 1472, durant la guerra civil que enfrontà la Generalitat de Catalunya amb Joan II de Cartalunya-Aragó, l'església fou fortificada restant contra el monarca.

El priorat degué ser secularitzat molt aviat, o bé governat per abats comendataris. El 1404 ja no hi consta cap comunitat tot i que el 1691 hi ha esment d'un prior.

Es tracta d'un edifici d'una sola nau amb absis. El més remarcable potser sigui la finestra a la façana principal amb columnetes laterals, capitells i arquivoltes senzillament decorades. Hi ha una porta tapiada que devia comunicar amb les dependències monàstiques i potser un claustre o galilea ara desapareguts. Sembla que l'edifici es va començar pel segle XI, la finestra és de finals del XII o inicis del XIII.