Benedictins
 

Aquest lloc és documentat des del 878, en un precepte on s'esmenta la cel·la de Santa Maria, com a possessió del monestir de Banyoles. Aquesta cel·la torna a ser citada el 916. El monestir de Banyoles obtingué aquesta possessió junt amb la incorporació del monestir de Sant Julià del Mont.

Abans del 1118 era la parròquia de la vall de Santa Pau. Torna a documentar-se el 1157 i no la trobem de nou fins el 1362. El 1427 un terratrèmol va ensorrar l'església i arrel d'això la parròquia es trasllada a la nova església de Santa Pau que era en construcció. A partir del 1441 comença la seva reconstrucció. Entre els segles XVII i XVIII es basteix una hostatgeria al santuari, que és molt visitat.

Entre el 1809 i 1814 serveix de refugi als monjos de Sant Esteve de Banyoles, amb la desamortització arriba la decadència. El 1936 és incendiat i es perd bona part del seu mobiliari.