Este establecimiento capuchino de la ciudad de Girona fue fundado a propuesta de Ángela Serafina hecha desde el convento de Santa Margarida de Barcelona que ya había fundado ella misma años antes. Inicialmente esa iniciativa chocó con la oposición del obispado y de las otras comunidades de la ciudad, pero finalmente, en 1609, fue aceptada, para empezar su actividad se trasladaron cinco monjas desde Barcelona.

Inicialmente se establecieron cerca del Galligants pero en 1618 se trasladaron al lugar actual, en unas casas adquiridas a Josep Planes (en la calle del Llop) que incluían lo que se conoce como "baños árabes", edificio medieval que fue salvado gracias a la pobreza de las capuchinas, que readaptaron los espacios preexistentes sin poder edificar un monasterio de nueva planta. En 1637 se pudo inaugurar la nueva iglesia.

Al igual que otras comunidades, en 1710 sufrieron los efectos de la Guerra de Sucesión debiendo abandonar el convento donde no pudieron regresar hasta el año siguiente y que encontraron con graves desperfectos. La situación se repitió entre el 1794-96, cuando se refugiaron en Mataró. Las adversidades continuaron después con la Guerra de Francés (1809) época en que volvieron a abandonar la casa.