Aquest establiment caputxí de la ciutat de Girona fou fundat a proposta d’Àngela Serafina feta des del convent de Santa Margarida de Barcelona que ja havia fundat ella mateixa anys abans. Inicialment aquella iniciativa va topar amb l’oposició del bisbat i de les altres comunitats de la ciutat, però finalment, el 1609, fou acceptada, per començar la seva activitat s’hi van traslladar cinc monges des de Barcelona.

Inicialment es van establir prop del Galligants però el 1618 es van traslladar a l'indret actual, en unes cases adquirides a Josep Planes (al carrer del Llop) que incloïen el que es coneix com “banys àrabs”, edifici medieval que fou salvat gràcies a la pobresa de les caputxines, que readaptaren els espais preexistents sense poder edificar un monestir de nova planta. El 1637 es va poder inaugurar la nova església.

Com altres comunitats, el 1710 van patir els efectes de la Guerra de Successió havent d’abandonar el convent on no hi pogueren retornar fins l’any següent i que van trobar amb greus desperfectes. La situació es va repetir entre el 1794-96, quan es refugiaren a Mataró. Les adversitats continuaren després amb la Guerra de Francès (1809) època en que van tornar a abandonar la casa.