La fundació d’aquest convent es va portar a terme gràcies a la iniciativa de Romuald Simón de Pallarès cavaller de l’orde dels hospitalers i comanador d’Ulldecona des del 1669. Tradicionalment s’admet que el fundador va viure practicant l’eremitisme en una cova coneguda com Santa Magdalena, un indret que va es va considerar sagrat arran d’un fet miraculós que va tenir lloc mentre era ocupat per Romuald. Aquest va decidir portar endavant la fundació d’un establiment conventual, però va morir el 1704 sense veure satisfetes les seves intencions. Els marmessors del difunt van tenir cura de donar compliment als seus desitjos i van nomenar un ermità que tenia cura de la cova.

El 1723 van acordar amb les agustines de Mirambell (Terol) l’enviament de cinc monges per fer efectiva la fundació, cosa que es va poder realitzar l’any següent (1724). Es van assentar en una casa propietat del marmessor testamentari i abans del fundador. Més endavant van anar bastint, o millor adaptant, les diferents dependències fins a resultar el convent que encara es troba en aquell mateix lloc. Va patir els efectes de la Guerra del Francès (1811) que va dispersar les monges de la comunitat, refugiant-se en cases del poble. Amb la desamortització va perdre les seves propietats, però va poder mantenir la seva activitat, encara que manera molt precària. L’església es trobava en mal estat i entre el 1868 i 1876 van poder aixecar una de nova. Durant la Guerra Civil les monges foren expulsades i l’establiment confiscat, però encara es va tornar a recuperar l’any 1940 i encara té activitat.