La primera noticia del la iglesia de Sant Pere de Ponts y del castillo al que estaba vinculada es del año 1024, con motivo de la celebración de un juicio en la misma iglesia en el que intervinieron Ermengol II de Urgel (conde entre 1010 y 1038), Berenguer Ramon I (conde de Barcelona entre 1018 y 1035) y su madre Ermesenda de Carcasona, entre otros.

En cuanto a la canónica establecida en esta iglesia, no hay noticias ciertas sobre su fundación, únicamente que en 1098 se menciona la comunidad de canónigos en un litigio relativo a las diferencias entre la comunidad y un tal Pere de Ponts sobre los pretendidos derechos de este último sobre los canónigos y su actividad. Estas diferencias se resolvieron a favor de la comunidad monástica, aunque el asunto trajo cola y más adelante aún fue motivo de otros pleitos.

En la segunda mitad del siglo XIV, la comunidad se trasladó a la iglesia de Santa Maria, muy cercana a la villa de Ponts, y fue conocida como Sant Pere y Santa Maria de Ponts. La iglesia de Sant Pere continuó vinculada a la canónica a la vez que ejercía las funciones parroquiales, que compartía con la de Santa Maria, más cercana al núcleo habitado. En 1391 se reorganizó en forma de colegiata, de manera similar a la reforma que se llevaría a cabo a finales del siglo XVI de una manera más generalizada. Esta colegiata mantuvo su situación hasta la desamortización y su disolución, en 1840.