El seu origen és força confús i es basa més en la tradició que amb documents històrics. Sembla que s'ha d'identificar amb l'emplaçament originari del monestir de Bellpuig de les Avellanes, conegut com Bellpuig el Vell o Sant Cap, malgrat que les restes arquitectòniques no permeten confirmar-ho.

El primer document que demostra l'existència d'una comunitat premostratenca a la zona és una donació (1166) efectuada per la construcció del monestir en el lloc anomenat MonT Malet, topònim que s'ha perdut actualment. Aquesta dotació comprenia, a més, molts altres béns. La tradició situa l'arribada dels premostratencs uns anys abans, el 1159, amb el primer abat, Joan d'Organyà. Segons això, fundaren la comunitat a l’entorn d'una balma on s'havien instal·lat. El 1167 s'hi va afegir una comunitat que havia fracassat en el seu intent de fundació de Santa Maria de Vallclara.

Seguint encara amb aquella tradició, el 1166 s'organitzà una altra comunitat en un lloc molt proper (les Fonts Amargues), el que afegeix confusió a aquesta època. Més tard s'unirien les dues comunitats a l'indret de Fonts Amargues (el que seria l’origen del monestir de Santa Maria de Bellpuig de les Avellanes), d'aquesta manera s'abandonaria a curt termini el lloc de Bellpuig el Vell, cap el 1195.

Actualment en resta una ermita coneguda ara amb el nom de Sant Cap o Sant Joan. Per anar-hi, des de Vilanova, cal pujar fins el dipòsit d'aigua, seguir fins un collet i agafar el camí de l'esquerra, ja al vessant sud de la muntanya, que hi porta en poca estona. El recorregut total es fa en menys d'un quart