El primer esment de l’existència en aquest lloc d’una església dedicada a Sant Tomàs es troba l’any 1045. El 1061 s’esmenta la mateixa església i els seus clergues, tot i que no es fa referència a cap comunitat organitzada, cosa que no es troba fins l’any 1086. Berenguer d’Amalric, senyor del llinatge de Riudeperes que tenia influència en el territori en aquella època (1080), era germà d’un canonge de la catedral de Vic (Ricard), que va participar activament en la reforma d’aquella canònica i que va provocar greus enfrontaments entre els partidaris de seguir una regla canonical estricta i els que s’oposaven per seguir gaudint dels beneficis que tenien.

Sant Tomàs de Riudeperes

Església, en part romànica

Església del monestir

Possiblement a causa d’això, Berenguer i Ricard van posar el 1095 la canònica de Riudeperes sota la direcció de la casa de Lledó (Alt Empordà). També en aquella època es va aixecar una nova església, gràcies al finançament dels mateixos personatges el nou edifici es va consagrar el 1095. L’establiment va seguir gaudint de la protecció dels Riudeperes, que en van fer el seu panteó familiar. Mai va esdevenir una casa important i pràcticament només servia a la família que els protegia, i a començament del segle XV es trobava en plena decadència i les construccions en perill de ruïna. A la segona meitat d’aquell segle es va instaurar el règim de comanda per la direcció de la casa, el que no va ajudar el seu redreçament.

Galeria del claustre

El claustre

El claustre

Degut a la seva precarietat, el 1560 el bisbe de Vic va convertir la canònica en una convent de franciscans observants, fet que es va confirmar el mateix any amb una butlla papal. Immediatament es va començar l’obra de restauració dels edificis, notablement el claustre que va substituir l’anterior, romànic. L’església va quedar i fou modificada, tot i que encara presenta estructures de l’edifici que s’havia consagrat el 1095.

Pou del claustre

Sant Tomàs de Riudeperes