Esta iglesia se encuentra apartada del núcleo de Isil. Sin embargo parece que antiguamente era la parroquia del lugar, antes de la construcción de la nueva iglesia.

Parece que en este lugar existía un monasterio de época visigótica aunque es difícil de poderlo afirmar con cierta seguridad. Más tarde perteneció, como simple iglesia, a los monasterios de Santa Maria de Àneu, Sant Pere del Burgal y Santa María de Gerri. En 1566 consta como priorato hospitalario.

Sant Joan de Isil