Este establecimiento está muy mal documentado y con informaciones dispersas, poco claras e incluso contradictorias. En documentos antiguos, del siglo IX, ya se menciona el lugar de Santa Deodata, que podría ser el origen del actual Santa Maria de Àneu y que se trataría de un antiguo cenobio de tradición visigótica. El lugar de Santa Deodata aún se encuentra mencionado en un documento del año 1012, aunque en el acta de consagración de la Seu d'Urgell (839?) Identifica Santa Maria de Àneu como el lugar antes conocido como Santa Deodata. Lo cierto es que no se menciona como monasterio, posiblemente sólo fuera el centro religioso del valle; por otra parte se trata de un edificio con construcciones anexas aislado, sin una población cercana y sin funciones parroquiales.

También es posible que el lugar sea necesario identificarlo con el monasterio de Sant Pere de Àneu, del que se tienen noticias, pero que no se ha podido localizar con seguridad, en este sentido podría ser que durante un corto espacio de tiempo (siglo IX?) se convirtiera en un monasterio benedictino. En el siglo XII tenía una comunidad de canónigos, que en 1624 se trasladó a Esterri d'Àneu.

Durante los siglos XV y XVI se transformó radicalmente la iglesia convirtiendo las tres naves en una sola con una cubierta sostenida con arcos de diafragma. En estas obras se conservó el ábside y su decoración mural, que luego se trasladó al Museo Nacional de Arte de Cataluña de Barcelona. Esta modificación demuestra que en aquella época la casa gozaba de prosperidad y disponía de suficientes medios económicos para llevar adelante la obra. Más adelante tuvo una comunidad de frailes agustinos, hasta el 1711.

Santa Maria de Àneu