Malgrat això, la casa comtal va aconseguir el 1096 deixar el monestir de Gerri sota la direcció de la gran abadia de Sant Victor de Marsella, aquesta dependència de l’abadia de la Provença es va exercir en major o menor grau, segons la situació de cada moment.

La situació econòmica era molt bona, pel que es va poder aixecar una nova església, la qual es va consagrar el 1149 amb presència de les autoritats eclesiàstiques i del comte Artau III. El 1190 Alfons el Cast el va posar sota la seva protecció. Aquesta prosperitat es va allargar en el temps fins que es va veure interrompuda en el darrer quart del segle XIII a causa de la inestabilitat política del comtat i el territori i monestir foren envaïts en diverses ocasions.

El segle XIV no va millorar les coses i fou víctima tant de la cobdícia dels senyors com de la pesta negra que va comportar la mort de l’abat i la dispersió de la comunitat. El nou abat es va oposar frontalment als comtes de Pallars i les diferències foren molt importants, sobretot pel que fa a termes jurisdiccionals; fins i tot l’abat de Gerri va arribar a excomunicar el comte Hug Roger. La situació no va millorar en els anys següents. El 1592 fou incorporat a la Congregació Claustral Tarraconense.

Ja més endavant, el monestir es va veure afectat per la Guerra de Successió, que el va posar prop de la ruïna material. Malgrat això i la reduïda comunitat que hi havia, el monestir va continuar mantenint els seus drets jurisdiccionals. No sembla que l’afectés particularment la Guerra del Francès, potser per la seva situació geogràfica. La desamortització i exclaustració de 1835 va significar el tancament definitiu del monestir, la pèrdua de les importants possessions que tenia al Pallars i la dispersió i pèrdua del valuós patrimoni mobiliari que encara conservava. L’església va patir més pèrdues a ran de la Guerra Civil de 1936, com ara la mateixa Mare de Déu de Gerri.

Situació:

El monestir de Santa Maria de Gerri és a aquesta població, a l'altre marge del riu. Per acostar-s'hi cal passar pel pont de pedra que salva el Noguera
 

Coordenades GPS : N 42.32475  E 1.065843