En la catedral de León existía una comunidad de tipo episcopal con canónigos, al menos desde el siglo X y que en algún momento adoptó la regla de san Agustín. Debido a su estado de decadencia esta canónica fue secularizada por el obispo Don Diego, el 1120. El prior de esa comunidad, Pedro Arias, intentó su restauración y consiguió del obispo unos terrenos en Carbajal, (Carbajal de la Legua, en el norte de León) donde en 1144 fundaron una canónica agustiniana.

Poco después, en 1148, Alfonso VII y la infanta Sancha, su hermana, decidieron el traslado de esta comunidad al monasterio de benedictinas de San Isidoro (antes San Pelayo), por lo que las monjas se trasladaron a Carbajal de la Legua, mientras que los canónigos ocupaban San Isidoro. El mismo Pedro Arias, fundador de Carbajal, ocupó el cargo de prior en San Isidoro. Inicialmente dependía de la catedral de León, pero muy pronto pasó a depender directamente de Roma.