El monestir de Santa María de Villabuena fou fundat a iniciativa de la reina Teresa de Portugal (1181-1250), que va aixecar un monestir y un palau en una propietat seva a la comarca del Bierzo. Per portar endavant aquesta iniciativa, va aconseguir les llicències oportunes d’Alfons IX (el matrimoni amb el qual s’havia anul·lat el 1194), el 1229, i del papa Gregori IX (1231). De bon començament fou ocupat per monges cistercenques. A començament del segle XIV el monestir va rebre les relíquies de l’eremita sant Guillermo de Peñacorada i per aquesta causa es va canviar l’advocació del monestir, passant a ser conegut llavors com San Guillermo de Villabuena.

Quan a començament del segle XVI el proper monestir de San Miguel de las Dueñas va entrar en profunda decadència, les monges es van traslladar a aquest, però aquesta situació no va durar massa; aquest monestir de Villabuena estava exposat a les riuades i patia sovint els efectes de les aigües, la situació fou tant greu que el 1530 la comunitat es va haver de traslladar a San Miguel, que tot i trobar-se en mal estat, encara es va poder restaurar. El de Villabuena va quedar abandonat y es va perdre.

El lloc de Villabuena pertany al municipi de Cacabelos (Lleó).