Este monasterio de Santa Maria de Alcobaça fue fundado a iniciativa del primer rey de Portugal, Alfonso I (1139-1185) el cual hizo donación el año 1153 de estas tierras al monasterio de Claraval (Champaña) con la condición de que establecieran aquí un monasterio. Los primeros monjes llegaron en 1157 y se establecieron en Santa Maria a Velha, un lugar cercano. El 1178 comenzó la construcción del monasterio en el lugar actual, obra que se vio interrumpida debido a unas incursiones islámicas en 1184 y 1195. Tras la llegada de más miembros de la comunidad venidos de Francia, se pudo continuar con la construcción, que en 1222 ya se encontraba en condiciones de habitabilidad. La iglesia se consagró en 1252.

Este monasterio intervino decididamente en el asentamiento de la población en el territorio. Al mismo tiempo se distanció de la casa madre francesa, vinculándose directamente con la Santa Sede y desde el 1459 independizada de Claraval. El nuevo régimen conllevó también ponerse bajo la administración de abades comendatarios y su decadencia. Seguidamente se reformó, con la intervención de la Congregación Cisterciense de Castilla, hasta que en 1567 fue creada la Congregación Portuguesa de Alcobaça que le dio un nuevo impulso. El monasterio tuvo continuidad hasta que fue clausurado en 1834, dispersándose sus bienes.