Els framenors van arribar a Santarém el 1242 gràcies a la intervenció de Sanç II, rei de Portugal entre el 1223 i 1247. El 1338 el convent fou víctima d’un incendi el que va obligar a la seva reconstrucció gairebé total. Ferran I de Portugal (1367-1383) es va fer càrrec de les obres i hi va disposar la seva pròpia sepultura. En aquella època es va bastir el cor, elevat al mig de la nau de l’església. A partir del 1530 va esdevenir hospital provincial de l’orde franciscana. Va esdevenir un establiment monàstic important i el nombre de membres de la comunitat era elevat. Fou extingit el 1834, moment en que el lloc fou destinat a caserna. Després d’una època d’abandó, el conjunt conventual es va excavar i restaurar a partir de la segona meitat del segle XX.