Este monasterio se fundó en el año 1143 a iniciativa de Estefanía de Urgell, hija del conde Ermengol V y nieta del conde Pedro Ansúrez, se ha supuesto que desde el principio era una casa benedictina pero en 1151 pertenecía al Císter y llegaron monjes de aquella orden procedentes del monasterio de Berdoues (Gers) y Valbuena quedó como filial de aquella abadía gascona. Gracias a la protección y sobre todo las donaciones que recibió de la corona de Castilla y León (Alfonso VII, Sancho III y Alfonso VIII) y del papado, este establecimiento logró una gran prosperidad y acumuló un importante patrimonio material. San Andrés de Valvení pasó a depender de éste en 1165, hasta el 1175, fecha en que se independizó.

Tras una etapa de cierta decadencia, la casa se ​​recuperó gracias a la reforma que introdujo fray Martín de Vargas que la hizo la sede de la Congregación Cisterciense de Castilla (hasta el 1553) a la vez que dejaba de depender de Berdoues para quedar sujeto al monasterio de Santa Maria de Poblet. Durante los siglos XVII y XVIII se hicieron obras muy importantes en el monasterio a la vez que reunía un importante patrimonio mobiliario. La vida monástica de la casa se ​​vio conmocionada con los acontecimientos del siglo XIX, primero con la ocupación durante la guerra de la Independencia, después la exclaustración temporal durante el Trienio Liberal y finalmente la desamortización que significó la expulsión definitiva de la comunidad y su paso a manos particulares para dedicarlo a la explotación agraria. A partir de 1950 el lugar se colonizó y finalmente fue adquirido por el obispado de Valladolid. Durante la segunda mitad del siglo XX y sobre todo a finales de esta época el lugar se ha ido restaurando y ahora es la sede de la Fundación Las Edades del Hombre.