Aquest monestir benedictí té el seu origen en el culte que es va desenvolupar a Santiago a partir de l’any 814 amb el descobriment de la tomba de sant Jaume. En el mateix moment o poc després que Alfons II aixequés la primera església sobre la tomba del sant, cap el 820, també es va bastir una església monàstica on una comunitat sota la direcció de l’abat Ildefred s’encarregaria del culte. Per la seva situació aquesta casa seria coneguda amb el nom d’Antealtares i estava sota l’advocació de San Pedro.

L’any 997 la ciutat i les esglésies foren destruïdes per una ràtzia d’Almansor, cosa que va obligar al bisbe Pedro de Mezonzo a la seva reconstrucció, alhora que va impulsar la introducció de clergues que anirien prenent protagonisme a la comunitat d’Antealtares. L’any 1075 el bisbe Diego Peláez va començar la construcció d’una nova església de grans dimensions que pogués donar cabuda al flux de pelegrins, això va representar l’enderroc del monestir d’Antealtares, per aquest motiu el 1077 es va signar la coneguda Concòrdia d’Antealtares, on l’abat i el bisbe van acordar les condicions d’ús dels nous espais que s’estaven aixecant. En el document consta que en aquell moment la casa d’Antealtares es regia per la Regla de Sant Benet. El 1095 el papa Urbà II va autoritzar el trasllat de la seu episcopal d’Iria a Santiago, organitzant definitivament el capítol catedralici, fet que va actuar en detriment del protagonisme de la comunitat benedictina.

El monestir va canviar la seva antiga advocació per la de San Paio (sant Pelagi) en un moment indeterminat a començament del segle XII. Durant el segle XIII els benedictins van cedir els terrenys del seu monestir per ampliar la catedral i van començar la construcció d’un nou establiment separat d’aquella església per l’actual plaça de Quintana, antic cementiri. A finals del segle XV aquesta casa va viure canvis a causa de la reforma observant que va afectar el món monàstic de l’època, el resultat fou que les comunitats de San Paio de Antealtares, molt deteriorada, i la de San Pedro de Fóra (una altra casa benedictina de la ciutat) es van traslladar a una tercera casa benedictina de Santiago: San Martiño Pinario, fet que es va materialitzar l’any 1495.