Es tracta d’un antic monestir medieval, més endavant convertit en col·legiata i que ara és una capella aïllada. Aquest establiment formaria part de la cadena de fundacions monàstiques efectuades amb l’objectiu d’assegurar el territori en una època en que el Duero separava els dominis dels regnes de Lleó i Navarra del califat de Còrdova. En aquest context també es van fundar a les rodalies els monestirs de San Pedro de Arlanza i San Pedro de Cardeña. San Quirce fou restaurat el 929 per Ferran González (c910-970) i la seva esposa Sancha en el lloc d’un establiment anterior, estava dedicat als sants Quirze (Quirico) i Julita de Tars, Flórez esmenta que la canònica guardava relíquies dels sants titulars, concretament el cap de sant Quirze i un braç de santa Julita. La tradició considera que Los Ausines fou l’escenari d’un victòria militar de Ferran González sobre els sarraïns que va voler commemorar amb aquesta fundació al front de la qual hi va posar el primer abat: Asurio. Aquell monestir estaria ocupat per una comunitat de canonges regulars i estava situat en un indret proper, no seria fins més endavant que s’aixecaria l’església en el lloc actual.

Aquest monestir no tindria, però, el recorregut d’altres del territori, mentre Arlanza i Cardeña van anar creixent i desenvolupant-se com a grans monestirs, San Quirce fou una casa modesta, hom troba els seus abats intervenint en diferents actes, com ara l’abat Fulgencio el 970 en la mort de Ferran González. Des del 1068 San Quirce va pertànyer al bisbat d’Oca relació que es va mantenir fins el 1075 quan la seu episcopal es va traslladar a Burgos (Gamonal). El 1147 un acord entre l’abat Domingo i el bisbe Víctor de Burgos posava la casa sota la tutela de la seu burgalesa convertint-la en una col·legiata de tipus rural sota la direcció d’un abat, en aquell moment es va consagrar l’església que s’havia construït en aquella època i que es conserva encara en l’actualitat bé que amb modificacions posteriors. La col·legiata es va mantenir fins el 1835 i ara el lloc és de propietat particular.

Es conserva la seva església medieval bé que amb modificacions, com ara una nova volta de la nau que va afectar els finestrals romànics, l’afegit d’una sagristia i un poderós campanar sobre la volta del fals creuer, del segle XVI. Cal esmentar també la riquesa de la decoració escultòrica del conjunt, tant en els capitells de l’interior com en les dues portades romàniques, una al nord que devia comunicar amb les dependències dels canonges, ara tapiada, i la segona a la façana de ponent. Aquesta darrera està rematada a la part superior per un ràfec sostingut per modillons separats amb escenes en relleu amb una rica iconografia.