Se trata de un antiguo monasterio medieval, más adelante convertido en colegiata y que ahora es una capilla aislada. Este establecimiento formaría parte de la cadena de fundaciones monásticas efectuadas con el objetivo de asegurar el territorio en una época en que el Duero separaba los dominios de los reinos de León y Navarra del califato de Córdoba. En este contexto también se fundaron en los alrededores los monasterios de San Pedro de Arlanza y San Pedro de Cardeña. San Quirce fue restaurado el 929 por Fernán González (c910-970) y su esposa Sancha en el lugar de un establecimiento anterior, estaba dedicado a los santos Quirico y Julita de Tarso, Flórez menciona que la canónica guardaba reliquias de los santos titulares, concretamente la cabeza de san Quirico y un brazo de santa Julita. La tradición considera que Los Ausines fue el escenario de un victoria militar de Fernán González sobre los sarracenos que quiso conmemorar con esta fundación al frente de la cual puso el primer abad: Asurio. Aquel monasterio estaría ocupado por una comunidad de canónigos regulares y estaba situado en un lugar cercano, no sería hasta más adelante que se levantaría la iglesia en el emplazamiento actual.

Sin embargo este monasterio no tendría el recorrido de otros del territorio, mientras Arlanza y Cardeña fueron creciendo y desarrollándose como grandes monasterios, San Quirce fue una casa modesta, se encuentra a sus abades interviniendo en diferentes actos, como el abad Fulgencio el 970 en la muerte de Fernando González. Desde el 1068 San Quirce perteneció al obispado de Oca relación que se mantuvo hasta el 1075 cuando la sede episcopal se trasladó a Burgos (Gamonal). En 1147 un acuerdo entre el abad Domingo y el obispo Víctor de Burgos ponía la casa bajo la tutela de la sede burgalesa convirtiéndola en una colegiata de tipo rural bajo la dirección de un abad, en ese momento se consagró la iglesia que se había construido en aquella época y que se conserva aún en la actualidad aunque con modificaciones posteriores. La colegiata se mantuvo hasta 1835 y ahora el lugar es de propiedad particular.

Se conserva su iglesia medieval aunque con modificaciones, como una nueva bóveda de la nave que afectó a los ventanales románicos, el añadido de una sacristía y un poderoso campanario sobre la bóveda del falso crucero, del siglo XVI. Hay que mencionar también la riqueza de la decoración escultórica del conjunto, tanto en los capiteles del interior como en las dos portadas románicas, una al norte que debía comunicar con las dependencias de los canónigos, ahora tapiada, y la segunda en la fachada occidental. Esta última está rematada en la parte superior por un alero sostenido por modillones separados con escenas en relieve con una rica iconografía.