Aquest convent de clarisses fou fundat pel marquès de Villafranca D. Pedro Álvarez de Toledo (1546-1627) per a la seva filla María de Toledo, nascuda el 1581, que volia professar com a monja. Inicialment aquesta es va incorporar a la comunitat de la Concepción de Villafranca, però la seva voluntat de fer-se clarissa va fer que el seu pare promogués la fundació d’un monestir d’aquest orde a Villafranca. El 1594 el fundador va obtenir l’oportuna llicència del papa per convertir un antic hospital de pelegrins en monestir i l’any 1606 es va oficialitzar aquest nou establiment amb l’arribada de monges procedents de las Descalzas Reales de Madrid.