La vida del monestir va seguir el seu curs amb èpoques d’esplendor i altres de dificultats econòmiques, amb episodis de forta oposició de la població, que patia directament els efectes del govern del monestir, veritable senyor feudal. Un exemple d’aquelles crisis fou la revolta dels propis canonges enfrontant-se amb l’abat i amb la complicitat de la població (1323). La pesta negra i altres infortunis de caire militar van afectar els ingressos de la casa i la seva estabilitat econòmica.

Després es troben èpoques de prosperitat, que van permetre portar a terme obres de millora a la casa, que també es van impulsar a causa dels canvis d’hàbits a la comunitat monàstica, amb més privilegis i comoditats pels canonges.

El 1827 els premostratencs hi establiren un centre docent, però això va durar poc; com en altres llocs, el segle XIX va portar el tancament del monestir. A causa de la decadència en que es trobava, el 1833 hom aconsellà el seu tancament temporal. El 1835, amb l’exclaustració el lloc quedà totalment abandonat i començava la seva ruïna. Les terres van passar a mans de particulars però no l’edifici monàstic, que fou víctima del pillatge.

No és fins l’any 1964 que comença la seva restauració, amb més o menys encert. Més endavant es va prendre la decisió de donar-li un nou ús i el 1984 va començar la seva activitat una escola. En aquest lloc hi té ara la seva seu la Fundación de Santa María la Real, en activitat des de l’any 1994.

Bibliografia:
- QUADRADO, José M; PARCERISA, Francisco J. Recuerdos y bellezas de España. Valladolid, Palencia y Zamora. Madrid: 1861
- CARRIAZO, Laureano; i altres. Monasterio de Santa María la Real de Aguilar de Campoo. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real, 2003