La vida del monasterio siguió su curso con épocas de esplendor y otras de dificultades económicas, con episodios de fuerte oposición de la población, que sufría directamente los efectos del gobierno del monasterio, verdadero señor feudal. Un ejemplo de aquellas crisis fue la revuelta de los propios canónigos enfrentándose con el abad y con la complicidad de la población (1323). La peste negra y otros infortunios de tipo militar afectaron los ingresos de la casa y su estabilidad económica.

Después se encuentran épocas de prosperidad, que permitieron llevar a cabo obras de mejora en la casa, que también se impulsaron debido a los cambios de hábitos en la comunidad monástica, con más privilegios y comodidades por los canónigos.

En 1827 los premonstratenses establecieron un centro docente, pero esto duró poco; como en otros lugares, el siglo XIX llevó el cierre del monasterio. Debido a la decadencia en que se encontraba, en 1833 se aconsejó su cierre temporal. En 1835, con la exclaustración el lugar quedó totalmente abandonado y comenzaba su ruina. Las tierras pasaron a manos de particulares pero no el edificio monástico, que fue víctima del pillaje.

No es hasta el año 1964 que comienza su restauración, con más o menos acierto. Más adelante se tomó la decisión de darle un nuevo uso y en 1984 comenzó su actividad una escuela. En este lugar tiene ahora su sede la Fundación de Santa María la Real, en actividad desde el año 1994.

Bibliografía:
- QUADRADO, José M; PARCERISA, Francisco J. Recuerdos y bellezas de España. Valladolid, Palencia y Zamora. Madrid: 1861
- CARRIAZO, Laureano; y otros. Monasterio de Santa María la Real de Aguilar de Campoo. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real, 2003