El monestir de San Pedro de la Nave, conegut en època medieval com San Pedro del Esla s’esmenta l’any 907 en un document de donació del rei Alfons III al seu favor, on hi figura el seu abat Servodeo, personatge que torna a ser esmentat en una nova donació de l’any 922. Hom ha considerat que es va fundar a l’època de la repoblació del territori, al voltant del l’any 900. En una data indeterminada aquesta casa va passar a dependre de San Salvador de Celanova (Ourense), però hom coneix que durant el segle X aquell monestir gallec va adquirir algunes possessions en aquest territori. La primera notícia documentada del priorat de San Pedro de la Nave no es troba fins el 1222. A finals del segle XV va passar a dependre de San Benito de Valladolid.

El topònim de Nave probablement té a veure amb el pas de barca que hi havia prop de l'església, sobre el riu Esla, del que en va tenir els drets fins la desamortització. Més que per la seva condició monàstica, aquest lloc és cèlebre per la seva església preromànica, força coneguda i de la que és difícil establir l’època de la seva construcció, obra que hom ha situat en època visigòtica (a finals del segle VII) o bé mossàrab, del segle X, després de la recuperació del territori. L’edifici no es conserva en el lloc original, entre els anys 1931 i 1932 es va procedir al seu trasllat a causa de la construcció de l’embassament de Ricobayo, sobre l’Esla. Aquella operació fou encarregada a l’arquitecte Alejandro Ferrant sota la direcció de Manuel Gómez Moreno qui el 1906 havia donat a conèixer i valorar l’església, que fins aquell moment havia passat pràcticament desapercebuda, encara que no desconeguda.