Es tracta d’un monestir de fundació antiga que ja existia al segle X, tot i que potser només com església. Era un establiment femení que el 1108 estava dirigida per l’abadessa Aldonza. Fou dotat per Alfons VII l’any 1129, que li va atorgar carta d’immunitat. A finals del segle XIV la casa estava administrada per seglars que van portar la seva decadència, apropiant-se dels seus béns en lloc de protegir-los tal com es desitjava, fet que va generar un seguit de queixes i litigis durant molts anys.

Fou suprimit per la reforma observant el 1499, annexionant els seus béns a San Paio de Antealtares. En aquella ocasió la darrera abadessa d’Eire fou reclosa, sembla que a la força, a San Paio però va aconseguir escapar i denunciar els fets aconseguint pactar amb el degà de Santiago, Diego de Muros, qui la va defensar i mantenir la seva dignitat abacial de per vida a canvi de deixar els béns de l’abadia a l’Hospital Real de Santiago, al front del qual estava Diego de Muros. A la mort de l’abadessa, el 1508, els béns de San Miguel foren incorporats en un primer moment a Santo Estevo de Ribas de Sil, però després d’un llarg litigi el 1519 es van incorporar definitivament a l’Hospital Real de Santiago.