El bisbat d’Elna és força antic, el primer bisbe conegut d’aquesta diòcesi és Dominus, el 571. En el decurs del temps es va anar aixecant un conjunt catedralici format per diverses esglésies, que es van anar reconstruït i modificant. Aquesta església de Santa Eulàlia es troba esmentada per primer cop el 861 i seria en aquella època que s’hi instauraria una canònica aquisgranenca. Durant el segle XI es va refer l’església, que seria consagrada el 1069 pel bisbe Ramon d’Empúries. Poc abans la canònica havia caigut en decadència i els seus béns foren usurpats, pel que el bisbe Ramon es va encarregar també de la seva restauració (1064).

D’altra banda la vila de Perpinyà va anar prenent importància en detriment d’Elna, la canònica de Sant Joan el Vell d’aquella ciutat va quedar d’alguna manera vinculada a la diòcesi d’Elna i els membres del capítol catedralici tenien també estatge a Perpinyà, des del segle XIII el bisbe també hi tenia residència. Finalment després d’haver-ho sol·licitat tant des d’Elna com des de Perpinyà, el 1601 una butlla del papa Climent VIII va autoritzar el trasllat oficial de la residència episcopal i l’any següent de la canònica, ja secularitzada.