Los franciscanos ya estaban presentes en Coimbra, localizados en el desaparecido convento de São Francisco da Ponte, cuando la noble Mor Dias, que se había retirado el año 1250 a la canónica de São João das Donas, decidió fundar un monasterio de clarisas en la ciudad con la oposición de las canonesas de su comunidad, que temían perder las rentas aportadas por ella cuando se había incorporado a la canónica sin profesar. Finalmente en 1283 obtuvo la correspondiente licencia fundacional y a pesar de los tropiezos puestos por los canónigos de la Santa Cruz (de donde dependía el convento femenino de São João) el 1286 se puso la primera piedra del nuevo monasterio y poco después ya estaría ocupado por la comunidad formada, entre otras, por algunas canonesas de São João. Las diferencias entre las dos comunidades se agravaron y finalmente en 1311 fue declarado extinguido el monasterio de clarisas, los bienes se repartieron entre los agustinianos y frailes menores y las monjas de São João regresaron al lugar de origen.

A persar de ello, en 1314 la reina Isabel de Portugal (esposa de Dionisio I) consiguió del papa la oportuna licencia para la fundación de una casa de clarisas en Coimbra en el mismo lugar de la fundación anterior y ampliando sus terrenos, en 1317 una comunidad ocupaba de nuevo el convento de Santa Clara. Cuando la reina quedó viuda (1325) se retiró en un palacio junto a Santa Clara y finalmente dispondría su entierro en la iglesia conventual, lugar donde más adelante sería venerada como santa. En el siglo XVI el monasterio sufría los efectos de la proximidad del río y las aguas inundaban muchas partes del mismo lo que hizo que se hicieran modificaciones estructurales importantes con la intención de minimizar los efectos, pero en 1647 se ordenó su traslado. En 1649 comenzó la construcción del nuevo convento y en 1672 las monjas ya se habían trasladado a un lugar cercano pero más elevado. El antiguo convento cayó en el abandono y tras la desamortización (1834) pasó a manos particulares, medio enterrado. El lugar de Santa Clara-a-Velha pasó a manos públicas en 1976 y se empezó a excavar y restaurar a finales del siglo XX y ahora se ha convertido en museo.