La canónica agustiniana de Santa Cruz de Coimbra fue fundada por el arcediano de la catedral de la misma ciudad, Telo, en 1131. Desde el principio la casa recibió protección de la Santa Sede, que la declaró independiente del poder episcopal (1154), también gozó de protección de la corte, el rey Alfonso I la dotó económicamente y benefició con bienes y rentas consiguiendo tener con el tiempo una comunidad muy amplia y rica. Por otra parte es destacable la actividad de su escritorio de donde salieron manuscritos muy preciados, aquella actividad tuvo continuidad más adelante con una imprenta, todo ello contribuyó a reunir en el monasterio una amplia y valiosa biblioteca.

A principios del siglo XVI se rehizo completamente el monasterio debido al mal estado en que se encontraba la construcción medieval. Hacia 1520 se confeccionaron los monumentos funerarios de los dos primeros reyes de Portugal (Alfonso I y Sancho I) que se conservan en el presbiterio. A partir de 1527 la casa fue reformada según el nuevo régimen de observancia y a partir del 1556 esta canónica se puso a la cabeza de la Congregación de Santa Cruz. Este monasterio tuvo en época medieval una casa femenina dependiente: São João das Donas, que tuvo un largo litigio con la primera fundación de Santa Clara de Coimbra. Esta casa monástica fue clausurada como tal en 1834 y a partir de ahí sus dependencias se destinaron a otros usos.