A pesar que se menciona que su fundación tuvo lugar en 1216, no es hasta el 1256 que se dispone de informaciones seguras. Inicialmente la casa estaba situada fuera de la villa pero más adelante se trasladó al interior de la misma no sin la oposición frontal de la colegiata de Nossa Senhora da Oliveira que incluso llegó a derribar algunas de las construcciones franciscanas, lo que obligó a la intervención del poder papal en varias ocasiones. No fue hasta en 1409 que una concordia entre las dos instituciones puso fin a los enfrentamientos. El convento primitivo fue derribado en 1322 por motivos de defensa de la ciudad debido a su proximidad a la muralla, los frailes fueron acogidos en diversas estancias particulares hasta que se reconstruyó, a partir del año 1400. Se mantuvo en actividad hasta el 1833, cuando fue convertido en cuartel, hasta el 1875, fecha en que retornó a los franciscanos donde ahora mantienen la iglesia y un centro asistencial.