En aquest lloc els cavallers de l’orde militar de Crist hi tenien una ermita i casa dedicada a Nossa Senhora dos Reis on assistien els navegants. El 1496, arran d’una butlla del papa Alexandre VI aquell establiment es va transformar en un monestir de l’orde dels jerònims. El rei Manuel I va fer donació del lloc als nous ocupants dos anys després i el 1499 ja hi van arribar els primers monjos. El 1502 van començar les obres d’un monestir de grans dimensions el finançament del qual fou aportat en el seu gruix per la monarquia. Els arquitectes Diogo Boitaca, João de Castilho (Juan del Castilllo) i Diego de Torralva s’encarregaren d’aixecar un edifici grandiós, pensat per poder-hi encabir un centenar de monjos. El lloc va quedar sense activitat monàstica el 1834 a causa de l’extinció dels ordes religiosos i va quedar abandonat durant alguns anys, després dels quals va començar la seva restauració.