Esta casa de clarisas fue fundada por la reina Leonor, viuda de Juan II, fallecido en 1495, que consiguió en 1508 la pertinente autorización del papa Julio II. En 1509 llegaron siete monjas del convento de Jesús de Setúbal que se instalaron en unas casas particulares de manera provisional mientras se construía el monasterio. El conjunto de edificios monásticos incluía un palacio donde se retiró la reina Leonor.

Pronto se convirtió en un establecimiento rico y con una comunidad numerosa gracias a la protección real, sobre todo en época de Juan III, quien levantó nuevas construcciones sobre el pequeño monasterio inicial de la época fundacional. A finales del siglo XVII y durante el siglo siguiente, el monasterio se adornó con el gusto barroco de la época, cambiándole la fisonomía. El convento fue suprimido en 1834 y a finales de ese siglo el lugar fue destinado a centro asistencial. A mediados del siglo XX, con motivo del quinto centenario del nacimiento de la reina Leonor el lugar se restauró y como consecuencia de ello, se instaló el Museu Nacional do Azulejo.