La primera notícia del l’església de Sant Pere de Ponts i del castell al qual estava vinculada és de l’any 1024, amb motiu de la celebració d’un judici a la mateixa església en el que intervingueren Ermengol II d’Urgell (comte entre el 1010 i 1038), Berenguer Ramon I (comte de Barcelona entre 1018 i 1035) i la seva mare Ermessenda de Carcassona, entre altres.

Pel que fa a la canònica establerta en aquesta església, no hi ha notícies certes sobre la seva fundació, únicament que el 1098 s’esmenta la comunitat de canonges en un litigi relatiu a les diferències entre la comunitat i un tal Pere de Ponts sobre els pretesos drets d’aquest darrer sobre els canonges i la seva activitat. Aquestes diferències es van resoldre a favor de la comunitat monàstica, tot i que l’afer va portar cua i més endavant encara fou motiu d’altres plets.

A la segona meitat del segle XIV, la comunitat es va traslladar a l’església de Santa Maria, molt propera a la vila de Ponts, i fou coneguda com Sant Pere i Santa Maria de Ponts. L’església de Sant Pere va continuar vinculada a la canònica alhora que exercia les funcions parroquials, que compartia amb la de Santa Maria, més propera al nucli habitat. El 1391 es va reorganitzar en forma de col•legiata, de manera similar a la reforma que es portaria a terme a finals del segle XVI d’una manera més generalitzada. Aquesta col·legiata va mantenir la seva situació fins la desamortització i la seva dissolució, el 1840.