La fundació de la canònica augustiniana de Santa Maria de Vilabertran fou obra de Pere Rigau (o Rigald) sacerdot encarregat d’una antiga església aixecada en aquest lloc de la que es tenen notícies des del 969. Vers el 1069, aquell Pere Rigau hi havia reunit alguns clergues que hi vivien, en aquell temps va rebre donacions a favor de la comunitat.
Aquell monestir seguiria alguna regla de tipus canonical pròpia i no és fins el 1100 que s’esmenta la subjecció a la Regla de Sant Agustí. Aviat els antics edificis devien ser insuficients i el 1080 l'abat Rigau començà les obres d'una nova basílica, que fou consagrada vint anys més tard, el 1100. Molt aviat el cenobi adquirí força prestigi, i a la mort del fundador (el 1104) aquest fou venerat com a sant. En aquella època, els canonges de Vilabertran participaren en la fundació d’altres comunitats, com ara la canònica de Santa Maria de Lledó; el 1089, quan es va fundar l’establiment de Lledó, el seu primer prior, Joan, va sortir de Vilabertran. També la canònica de Santa Maria del Camp (al Rosselló) fundada el 1090 pel mateix Rigau, o Santa Maria de l’Om, entre altres.
Mostra de la seva importància és la làpida sepulcral d’Alfons el Cast (mort el 1196) que es conserva als murs de l’església i que hom creu que contenia alguna part del cos del monarca. També fou escenari del casament entre Jaume II i Blanca de Nàpols, el 1295. Al segle XV es fortificà el monestir i es va aixecar el palau gòtic. El 1592 la canònica fou secularitzada i es convertí en una col·legiata regida per un arxipreste, amb onze canonges. El 1794 els francesos saquejaren el monestir i s'inicià la ruïna, es perdé l'arxiu i la biblioteca i les tombes de l'església foren destruïdes. La col·legiata subsistí fins el 1835, quan passà a ser una simple parròquia.
L'església és de planta basilical, la de l'època de l'abat Rigau. S'hi conserva una bella creu processional gòtica, del segle XIV. Hi ha també un auster claustre romànic, del segle XII. La sala capitular i les altres dependències es conserven, però amb moltes modificacions degudes a haver passat per mans de particulars. El palau abacial fou construït a principis del segle XV, malgrat el seu estat de conservació, és un dels millors exemples d'aquesta mena d'arquitectura d'aquesta època.
- ARNALL JUAN, M. Josepa (1981). Importancia de la abadía-colegiata de Vilabertrán. Annals de l’Institut d’Estudis Empordanesos. Vol. 15
- BADIA I HOMS, Joan (1990). Catalunya romànica. Vol. IX. L’Empordà II. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- BADIA I HOMS, Joan (1981). L’arquitectura medieval de l’Empordà. Vol. II-B. Girona: Diputació de Girona
- CANAL, José de la (1832). España Sagrada. Vol. 45. Gerona. Madrid: Collado
- GOLOBARDES VILA, Miguel (1949). El monasterio de Santa María de Vilabertran. Barcelona: Porter
- MARQUÈS, Josep M. (1991). Algunes referències documentals sobre la canònica i la col·legiata de Vilabertran (1300-1835). Annals de l’Institut d’Estudis Empordanesos. Vol. 24
- MARQUÈS, Josep M. (1993). Canònica de Santa Maria de Vilabertran. Barcelona: Curial
- MARQUÈS, Josep M. (1995). Escriptures de Santa Maria de Vilabertran (968-1300). Figueres: I. Estudis Empordanesos
- MONSALVATJE Y FOSSAS, Francisco (1904). Los monasterios de la diócesis gerundense. Noticias históricas. Vol. XIV. Olot: Juan Bonet
- PLADEVALL, Antoni i altres (2002). Santa Maria de Vilabertran, 900 Anys. Figueres: I. E. Empordanesos
- RIU-BARRERA, Eduard (2003). L’art gòtic a Catalunya. Arquiectura III. Dels palaus a les masies. Enciclopèdia Catalana. Barcelona
- STYM-POPPER, Sylvain (1959). Congrès Archéologique de France. Vol. 117. Catalogne. París: S. F. Archéologie