Existeixen diverses versions sobre la data de fundació d’aquesta casa premonstratenca, la més reculada és la de 1162 amb una donació a aquest monestir del lloc de Bakio (Biscaia), la segona i la més probable, és la del 1168 que correspondria a la donació efectuada per Sancha Díaz de Frías del lloc de Bujedo al monestir de San Cristóbal de Ibeas, prop de Burgos i del que queden algunes ruïnes, amb la finalitat d’establir-hi una nova casa. La tercera porta la data de 1170. El 1170, Alfons VIII de Castella va beneficiar el monestir amb la donació de San Juan de la Hoz de Muriel i el 1175 la fundadora hi va afegir altres possessions. Com passa sovint en les cases premonstratenques, inicialment era un monestir doble, amb un comunitat masculina i una de femenina, aquesta darrera es va traslladar el 1175 a un altre indret.

El 1176 Alfons VIII va visitar el monestir i en aquella ocasió li va atorgar altres beneficis. Fins a finals d’aquell segle i començament del XIII es registra un important nombre de donacions al seu favor, tot i això es tractava d’un monestir modest, que en el segles XIV i XV va patir una època de decadència econòmica. A partir del 1583 es va procedir a la reconstrucció de bona part de les dependències del monestir, perdent en aquell moment el seu aspecte medieval. A finals del segle XVIII fou ocupat per l’exèrcit francès i els canonges el van haver d’abandonar temporalment. Al segle XIX no van millorar les coses, el monestir continuava ocupat pels militars i, a més, va patir els efectes de les diferents exclaustracions fins que el 1835 fou suprimit definitivament.

Ja sense comunitat es va anar malmetent el seu mobiliari, el 1844 el lloc va passar a mans de particulars, poc després es va construir el ferrocarril que passa pel costat, cosa que va fer perillar la seva conservació. El 1880 fou adquirit per una institució eclesiàstica i el 1891 pels Germans de les Escoles Cristianes de La Salle que encara té el lloc al seu càrrec. Del monestir es conserva l’església medieval amb modificacions posteriors i la torre del campanar que també es considera parcialment medieval, el claustre romànic va desaparèixer durant el segle XVI amb la construcció d’un de nou.