Aquest monestir es va fundar a la ciutat de Burgos l’any 1091, quan els reis Alfons VI i Constança de Borgonya van fer donació d’una capella dedicada a sant Joan Evangelista i un petit centre assistencial al monjo Lesmes, vingut de l’abadia alvernesa de La Chaise-Dieu (Alt Loira). Aquest personatge fou el primer prior del nou establiment i un cop mort (1097) va ser venerat com a sant i enterrat a la capella de San Juan, que va canviar de nom i fou la predecessora (es va enderrocar el 1382) de l’actual església de San Lesmes. Amb l’empenta inicial de la fundació es va posar en funcionament la casa monàstica, alhora que creixia la popularitat del centre assistencial que tenia cura dels pelegrins del camí de Sant Jaume i que estava a càrrec de la comunitat benedictina. El monestir va quedar sota la tutela de La Chaise-Dieu com a priorat depenent d’aquella casa. Amb el segle XIII va arribar també una època de decadència del centre, situació que es va allargar en el temps, baixant de forma alarmant el nombre de membres de la comunitat, fins a quatre en l’any 1400.

Potser aquest fou el moment en que la davallada del lloc va arribar al seu màxim; a partir d’aquí es va recuperar i augmentà la comunitat. En aquesta època van mantenir diferències amb el bisbe de Burgos pel control de la parròquia de San Lesmes, aixecada a l’ombra del monestir de San Juan. San Juan va continuar vinculat a La Chaise-Dieu fins que el 1437 va integrar-se a la Congregación de San Benito de Valladolid. El 1537 la situació del monestir va patir un nou gir a causa d’un incendi que el va destruir pràcticament en la seva totalitat, però tot i estar a punt de quedar clausurat, encara es va poder aixecar de nou. L’activitat constructiva es va allargar fins que va patir els efectes de la desamortització. Durant la primera meitat del segle XIX, diverses desamortitzacions van desfer el patrimoni del monestir i de l’hospital de San Juan (aquest a partir del 1855). Els monjos foren expulsats i mai més va recuperar cap funció de tipus religiós, a més de perdre bona part del seu patrimoni mobiliari. Hom va intentar utilitzar les instal·lacions com a caserna i hospici, però finalment s’hi va establir una presó. L’hort del convent fou utilitzat més endavant per aixecar unes instal·lacions militars. Ara, el que resta de l’edifici monàstic està ocupat pel Museo Municipal Marceliano Santa María que exhibeix l’obra d’aquest pintor. Les ruïnes de l’església han estat dotades d’una coberta moderna, obra dels arquitectes José Manuel Barrio y Alberto Sainz de Aja del Moral.