Existen varias versiones sobre la fecha de fundación de esta casa premonstratense, la más alejada es la de 1162 con una donación a este monasterio del lugar de Bakio (Vizcaya), la segunda y la más probable, es la del 1168 que correspondería a la donación efectuada por Sancha Díaz de Frías del lugar de Bujedo al monasterio de San Cristóbal de Ibeas, cerca de Burgos y del que quedan algunas ruinas, con el fin de establecer una nueva casa. La tercera lleva la fecha de 1170. En 1170, Alfonso VIII de Castilla benefició el monasterio con la donación de San Juan de la Hoz de Muriel y en 1175 la fundadora añadió otras posesiones. Como ocurre a menudo en las casas premonstratenses, inicialmente era un monasterio doble, con un comunidad masculina y otra femenina, esta última se trasladó en 1175 a otro lugar.

En 1176 Alfonso VIII visitó el monasterio y en aquella ocasión le otorgó algunos beneficios. Hasta finales de aquel siglo y comienzos del XIII se registra un importante número de donaciones a su favor, sin embargo se trataba de un monasterio modesto, que en el siglo XIV y XV sufrió una época de decadencia económica. A partir del 1583 se procedió a la reconstrucción de buena parte de las dependencias del monasterio, perdiendo su aspecto medieval. A finales del siglo XVIII fue ocupado por el ejército francés y los canónigos lo tuvieron que abandonar temporalmente. En el siglo XIX no mejoraron las cosas, el monasterio continuaba ocupado por los militares y, además, sufrió los efectos de las diferentes exclaustraciones hasta que en 1835 fue suprimido definitivamente.

Ya sin comunidad fue perdiendo su mobiliario, en 1844 el lugar pasó a manos de particulares, poco después se construyó el ferrocarril que pasa a su lado, lo que hizo peligrar su conservación. En 1880 fue adquirido por una institución eclesiástica y en 1891 por los Hermanos de las Escuelas Cristianas que aún tiene el lugar a su cargo. Del monasterio se conserva la iglesia medieval con modificaciones posteriores y la torre del campanario que también se considera parcialmente medieval, el claustro románico desapareció durante el siglo XVI con la construcción de uno nuevo.