El monestir de San Cristóbal de Ibeas s’hauria fundat a començament del segle XII, el 1107 els considerats fundadors, Alvar Díaz i la seva esposa Teresa Ordóñez van efectuar una important donació al monestir de Sancti Christofori de Evea que consideraven de la seva propietat. Tot i això, el 970 ja hi consta una donació feta a un abat de nom Obeco, al davant d’una comunitat possiblement de canonges regulars situada en aquest indret. El 1146 Alfons VII de Lleó feia donació de diversos béns d’aquest territori a l’abadia premonstratenca de Retuerta amb la finalitat de que hi instaurés un monestir. El 1151 hi figura una nova i important donació a favor de San Cristóbal de Ibeas i posteriorment, en el mateix any l’abat Rodrigo rebia una donació d’Alfons VII en la que s’esmentava que es tractava d’un monestir premonstratenc. El 1168 el mateix abat Rodrigo encapçalava la participació de San Cristóbal en la fundació de Santa María de Bugedo (Burgos) i el 1169 va assistir a la consagració de l’església de Santa María la Real d’Aguilar de Campoo (Palència).

Durant el segle XIII van continuar les donacions a favor de la casa el que no va poder evitar que també patís períodes de decadència tant pel que fa a la seva situació econòmica com per la regularitat interna. El monestir també va mantenir un hospital annex on tenien cura dels viatgers i des del 1786 un col·legi de filosofia, suprimit el 1798. Tot plegat aquest lloc va arribar a ser un monestir de modestes dimensions però amb certa influència dins de l’orde. En època medieval s’hauria aixecat un monestir romànic que amb el pas del temps hauria anat patint modificacions, moltes a causa de l’envelliment de les estructures. El 1737 va patir una inundació i en aquella mateixa època es van portar a terme importants obres de reconstrucció. Durant el segle XIX va patir els efectes dels diferents episodis adversos de l’època, el 1808 el monestir fou ocupat per les tropes franceses i els canonges hagueren d’abandonar-lo amb el resultat de la pèrdua dels béns mobles i deteriorament de les construccions. Un cop recuperat i mínimament restaurat entre el 1820 i 1823 va patir una segona exclaustració temporal i el 1835 la definitiva causada per la Desamortització de Mendizábal, poc després ja s’esmenta el mal estat en que es trobava el conjunt, ara només es conserven alguns murs dels absis de l’església, el 1847 Manuel de Assas va fer una descripció del monestir, quan encara conservava bona part de les seves estructures.